按照工程建設計劃，蓄水分兩個階段進行。第一階段計劃用10至15天的時間，將上游庫區蓄至44米高程，滿足船閘通航和首臺機組發電兩大關鍵節點目標需求;第二階段計劃到5月中旬前蓄至52米高程，庫容16.1億立方米，相當于110多個西湖水量，將有效提升粵港澳大灣區水安全保障能力，西江億噸黃金水道初步形成。

工程一期蓄水期間，將在確保西江下游供水、生態和航運需求的前提下，逐步抬高水位，爭取早日恢復通航，使黔江通航等級將由當前300噸級提升至我國內河航運最高等級3000噸級規模，年運輸能力將由1300萬噸提升至5200萬噸。

左岸3臺機組全部發電，還可改善桂中旱片灌溉用水條件，提升粵港澳大灣區水安全保障能力。

大藤峽水利樞紐工程肩負防洪、航運、發電、補水壓咸、灌溉等重任，工程總投資357.36億元，于2014年11月開工。