目前，蒙內鐵路每天對開一列客車，均為蒙巴薩和內羅畢間的直達列車，運行時間約4小時40分鐘。蒙內鐵路目前實行優惠票價，即單程二等座700先令（約7美元），一等座3000先令（約30美元）。優惠季結束后，單程二等座票價將調至900先令，但仍將低于公交車價格。公交車價格約為1400先令。
由于價格適中、乘坐舒適、用時較短、相對安全，鐵路已成為肯尼亞兩大城市間出行的重要交通方式。未來一段時間，蒙內鐵路將視情加開列車車次，以滿足日益增長的乘客需要。
蒙內鐵路由中國路橋提供運營服務，運營合同為10年。蒙內鐵路全線472公里，采用中國標準、技術、設備。
